Реформация пришла в Шотландию позже. В начале XVI века шотландская церковь была до предела коррумпирована. Были поразительные примеры ослепительного богатства некоторых священослужителей. Сама церковь обладала огромными богатсвами, превосходившими казну государства. Церкви все меньше и меньше посещались населением и духовная жизнь приходила в упадок.

Государство издало ряд постановлений, имевших целью изменить облик церкви, сделать ее более скромной и набожной и менее мирской. Появилась Библия на английском языке. Стали появляться протестанские учения и миссионеры. И, хотя приверженцы протестанского учения подвергались гонениям и даже сжигались на кострах, это только подтолкнуло распространение новых идей. К религиозному рвению реформаторов добавлялось желание знати заполучить церковные земли и политический энтузиазм англофильской фракции. К триумфу протестантизм пришел под руководством проповедника Джона Нокса (John Knox), ярого сторонника протестантского учения.

В мае 1546 года группа протестантов и дворян устроила заговор с целью убить главу католической церкви Шотландии кардинала Бэйтона (Beaton), захватила замок кардинала в Ст.Эндрюс (St.Andrews), сам кардинал был заколот и выброшен из окна. Заговорщики вместе с Джоном Ноксом забарикадировались в замке и призвали на помощь войска из Англии, где к тому времени протестанское учение было главенствующим. Но в июле 1547 года к Ст.Эндрюс подошел французский флот, французы захватили замок, а заговорщиков отправили на галеры. Англичане прибыли с опозданием. В 1549 между Францией и Англией был заключен мир.

В 1548 году совсем молодая королева Мария Стюарт была отправлена во Францию, где она должна была выйти замуж за наследника французского трона. Тем временем в Европе католики пытались захватить инициативу. Протестанский король Англии был слаб. Французский король готовил Варфоломеевскую ночь. Германский император пытался объединить протестанских принцев в Германии. В Шотландии, католичка королева-мать Мари де Гиз (Marie de Guise) стала регентом.

В 1549 году Джон Нокс был отпущен из плена французами. Трудности не погасили его энтузиазма и попав в Ангию он был назначен епископом . Когда в 1553 году на английский трон взошла Мария Тюдор (Mary Tudor) и Англия резко повернула опять к католицизму, Джон Нокс отправился в Германию, затем в Женеву, где он следовал учению Калвина. В 1555 году, полный как никогда новых идей, он возвращается в Шотландию и первой целью для его атак становится королева-мать. Благодаря своему красноречию ему удается увлечь своими идеями даже Мари де Гиз. На три года он снова возвращается в Женеву к Калвину. В это время начинает расти протестанское движение в Шотландии.

В 1557 самые влиятелльнгве дворяне подписывают первый Договор (Covenant), призывая разорвать с католической римcкой церковью. В 1558 католическая иерархия, чувствуя, что дело заходит далеко, устроила показательное сожжение в Ст.Эндрюс протестанскокого 82-летнего проповедника. Но это был последний протестант, сожженный в Шотландии. Несколькими днями позже 15-летняя королева Мария (Queen Mary) выходит замуж за французского дофина в парижском соборе Нотр Дам, что еще больше связывает обе страны. Многие в Шотландии не одобрили этот союз, который укреплял католическую церковь в Шотландии. Королева-мать начала давление на шотландских протестантов и последние попросили Джона Нокса вернуться в Шотландию, который, откликнувшись на их призыв, в 1559 году прибыл в Шотландию. Вдохновленные его пламенными речами, толпы людей громили католические церкви, уничтожали алтари, религиозные статуи и картины.

В 1558 году Мария Тюдор умирает и английской трон занимает ее протестанская сестра Елизавета (Elizabeth). В 1559 году муж королевы Марии становится королем Франции и заявляет свои претензии не только на шотландский, но и на английский престол. Воодушевленные победой Реформации в Англии, шотландские протестанты удвоили своили усилия. Все церкви в городе Перф (Perth) были разорены, мессы запрещены. Королеве-матери, лишившийся поддержки в Шотландии, оставалось обратиться за помощью к католической Франции.

В это время королева Англии Елизавета стала вести переговоры с шотландскими протестантами, хотя и неохотно из-за ее личной неприязни к Джону Ноксу. Но их объединяло желание отразить французские притязания на трон своих государств. В 1560 году королева-мать умерла и между двумя странами был заключен Эдинбургский Договор, который признавал Елизавету королевой Англии и обеспечивал удаление из Шотландии как английских так и всех французских войск. Фактически это положило конец Старому Альянсу (Auld Alliance) и обеспечило окончательеую победу протестантизма в Шотландии. Это также было первым щагом к объединению Англии и Шотландии. Шотландский парламент отменил подчинение шотландской церкви папе римскому и запретил католическое богослужение. По сравнению с другими странами переход к протестантизму сопровождался небольшими жертвами, семь протестантов и два католика были казнены за все время. Большинство католического духовенства либо присоединилось к протестанскому либо отошло от дел. В отличии от Англии Реформация в Шотландии была радикальной.